時は戦国乱世の時代。からくり人（びと）と呼ばれるロボット型のスーパー人類（機械生命体）と人間が共存するジパング国では、群雄割拠して合戦に明け暮れ、からくり武芸者たちも勝利と栄光を目指してしのぎを削っていた。そのからくり人の中の1人、チューゴク山地・オカヤマーナのミヤモト村のムサシという純情一途なガキ大将も、ナンバー1の武芸者を目指して、修業の旅に出かけることに。そしてムサシは、宿命のライバル・コジローや様々なからくり人の剣豪や英雄、悪人たちと出会い、戦いながらたくましく成長していくのだった……。
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