深海調査のため、潜水艇アンモナイト号に乗り込んだジオ、ピピ、コン博士。
水深数千メートルの深海を目指す途中、メタンガスの泡に巻き込まれアンモナイト号が
故障。
海上のケイと連絡が取れなくなってしまう。さらに巨大なダイオウイカとマッコウクジラが襲い掛かり、ジオがはぐれてしまった！ピピとコン博士はジオ救出に向かうが、アンモナイト号のエネルギーは残りわずか……
一方ジオは、真っ暗な海底で深海生物に取り囲まれていた！
はたして極限状態の深海から無事に戻ることができるのか！？
「僕は絶対、サバイバルしてみせる！！」
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